潔凈室中過濾器的安裝密封，是確保潔凈室潔凈度的關鍵因素之一，因此，在潔凈室設計時，應該選擇先進的密封技術和可靠的密封方法。
1、接觸填料密封，密封用填料有固體密封墊如：氯丁橡膠，閉孔海綿橡膠板等）和液密封膠（如：硅橡膠、氯丁橡膠、天然橡膠）。固體密封墊有一般采用螺栓母機械壓緊的密封方法。橡膠板的壓縮量一般為30%-50%。液體密封膠是靠填充和粘附方法密封。該密封方法是一般潔凈室zui常用的密封方法。 
2、液槽刀口密封，在槽形框架中注人一定高度的非牛頓密封液體（如：氯異丁烯等），過濾器的刀口插入密封液里，使兩側的空氣通路受到阻隔，達到密封目的。這種密封方法可靠性強，過濾器拆裝方便，通常應用于100級、10級和更別潔凈度的潔凈室密封。 
3、負壓泄露密封，這種密封方法的原理是正壓空間泄露的污染空氣，人為疏導到工作區(qū)外的負壓空間，確保工作區(qū)不受污染。這種密封方法通常用于升小規(guī)格的潔凈室的密封。